Rothe deltog i de følgende år i togter til Vestindien, Norge og til Østersøen. 2. juledag kom han ombord i ”PRINS CHRISTIAN FREDERIK” som næstkommanderende hvor han som ældste (40 år) afløste premierløjtnant Top som var 30 år.

Med Rothe som ny næstkommanderende oplevede besætningen et markant disciplinskift. Rothe var til forskel for Top væsentlig mere streng og tjenstlig og ikke i nær samme grad godmodig og munter.

Rothes forhold til chefen C.V.Jessen var godt, selvom de som personer var meget forskellige. Til forskel fra Jessen, som var ildfuld og opbrusende, var Rothe kold og rolig, hvorfor de to officerer komplimenterede hinanden fortræffeligt til fælles gavn for besætningen.

Under kampen blev Rothe som bekendt hårdt såret, idet han venstre arm blev voldsomt læderet sammen med et par knuste ribben i venstre side. Kun et tilfælde gjorde at han ikke mistede armen. Rothe var i sit ydre kold overfor officerer og mandskab og sædvanligvis ordknap og afstandstagende, men under slaget viste han flere gange sin dybfølte interesse i deres vel og vel.

Natten efter slaget var det således Rothe, som kom i tanker om den 17-årige løjtnant H.B.Dahlerup, der lå syg i et lukaf forude i skibet. Rothe var bange for, at han skulle blive glemt i den almindelige virak efter slaget, og sendte derfor overlægen afsted for at hente ham. Adgangen til lukafet var næsten aldeles spærret af træværk og af døde og sårede og uden Rothe omsorg kunne den unge officer formentlig have været helt glemt.

Siden pålagde Rothe overstyrmanden at tage vare på Dahlerup samt at blive hos ham, til han kunne føres bort fra skibet. Dahlerup har siden som tak skrevet en levnedsskildring af Rothe. Efter at være blevet nogenlunde rask blev Rothe udvekslet som krigsfange blev han kommanderet til Bornholm, hvor han overtog øens styrelse og forsvar. Arbejdet ledte til store forbedringer på øen og gav Rothe stor hæder og anerkendelse.

Efter Kielerfreden sendtes han til Norge for at få udleveret alle de fartøjer, som blev anset for værende danske. Disse omfattede i alt 7 brigger, 8 kanonbåde, 47 kanonchalupper, 51 kanonjoller, 7 flådebatterier og forskellige andre skibe.

Forhandlingerne, som naturligvis blev yderst besværlige endte 22. juni 1816 i en overenskomst, hvor Norge beholdt skibene mens Danmark modtog 95.000 Specier. En løsning som selv Frederik VI var tilfreds med.

I 1820 blev Rothe beordret til Vestindien for at foretage undesøgelser vedrørende den daværende general-guvernørs embedsførelse. Rothe gennemførte disse med den velkendte næsten hensynsløse retfærdige strenghed, der var hans varemærke. Undersøgelserne endte med, at guvernøren afskedigedes uden pension og Rothe unævntes til hans efterfølger.

Selv som general-guvernør udfoldede han stor dygtighed, men blev på trods af dette hjemkaldt allerede efter et år, da man ønskede ham placeret i en vigtig stilling i flådens øverste ledelse.
Rothe døde i 1834 og blev begravet på Holmens kirkegård. På hans gravsten står

Sin konges og fædrekandets tro mand med kraftfuld sjæl i hærdet legeme gik han uforfærdet i farens stund over havets bølger modig og klog fjendtlige våben i møde, når hans konge bød. Den danske marines vel var hans stræbens mål. – Retsindig i vandel, klippefast i venskab, kærlig husfader hædredes han af sin konge og af sine medlevende. Hans minde være velsignet.